 Flora
Bis ins 19. Jahrhundert hinein galt der Bodensee als naturbelassenes Gewässer. Seitdem wurde die Natur stark durch Rodungen und die Bebauung zahlreicher Uferteile beeinflusst. Dennoch sind einige naturnahe Bereiche vor allem in den Naturschutzgebieten erhalten geblieben oder wurden renaturiert.
Daher weist die Bodenseeregion einige Besonderheiten auf. Dazu zählen die große Waldlandschaft am Bodanrück, das Vorkommen des Lungen-Enzians und Knabenkraut-Arten aus den Gattungen Dactylorhiza und Orchis im Wollmatinger Ried sowie das der Sibirischen Schwertlilie (Iris sibirica) im Eriskircher Ried, das daher seinen Namen erhalten hat.
Vögel
Der Bodensee ist ein wichtiges Überwinterungsgebiet für rund 250.000 Vögel jährlich. Vogelarten wie der Alpenstrandläufer, der Große Brachvogel und der Kiebitz überwintern am Bodensee. Auf dem Zug im Spätherbst finden sich auf dem See auch zahlreiche Seetaucher ein (Pracht- und Sterntaucher, einzelne Eistaucher).
Die Halbinsel Mettnau
Dem Bodensee kommt auch als Rastgebiet während des Vogelzuges eine große Bedeutung zu. Der Vogelzug verläuft dabei oft unauffällig und ist am ehesten bei besonderen Wetterlagen als sichtbarer Tagzug erkennbar. Erst bei länger anhaltenden, großräumigen Tiefdrucklagen kommt es nicht selten zu einem Stau mit großen Ansammlungen von Zugvögeln. Dies lässt sich im Herbst oft gut am Eriskircher Ried am nördlichen Bodensee beobachten. Hier stößt der Breitfrontenzug direkt an den See und Vögel versuchen dann dem Ufer entlang Richtung Nordwest zu ziehen. Die Bedeutung des Bodensees als wichtiges Rast- und Überwinterungsgebiet wird unterstrichen durch das Max-Planck-Institut für Ornithologie – Vogelwarte Radolfzell, das als Beringungszentrale für die deutschen Bundesländer Bayern, Baden-Württemberg, Berlin, Rheinland-Pfalz und das Saarland, sowie für Österreich zuständig ist und den Vogelzug erforscht.
Im Frühjahr ist der Bodensee ein bedeutendes Brutgebiet, vor allem für Blässhuhn und Haubentaucher. Aufgrund der stark schwankenden Wasserstände bevorzugen manche Arten jedoch andere Brutgebiete.
Weiterhin ist der Bodensee mit seinen Naturschutzgebieten, wie dem Wollmatinger Ried oder der Halbinsel Mettnau, auch die Heimat vieler Vogelarten. 412 Arten sind bislang nachgewiesen.
Fische
Im Bodensee existieren 35 Fischarten. Eine Besonderheit für die Lage des Sees ist das Vorkommen von Felchen und Saibling. Bedeutend für die Fischerei sind Aal, Brachsen, Groppe, Hecht, Schleie, Kretzer (Egli) und Zander. Der Bodenseefelchen, der aufgrund seines großen Vorkommens im See nach ihm benannt wurde, wird oft als Spezialität in den Fischlokalen rund um den Bodensee angeboten.
Naturschutzgebiete
Der alte Rhein im Rheindelta
Das größte Naturschutzgebiet des Bodensees ist das Rheindelta, das sich entlang des Bodenseeufers zwischen der Mündung des alten Rheinlaufes bis zur Dornbirner Ach bei Hard erstreckt. Seit ihm ab 1982 internationale Bedeutung zukommt, wurden dort 340 Vogelarten beobachtet. Am Bodensee existieren weitere Naturschutzgebiete, die hier vom Rheindelta an gegen den Uhrzeigersinn aufgelistet werden.
Das Eriskircher Ried, das seit 1939 geschützt ist, liegt zwischen Friedrichshafen und Eriskirch. Hier münden die Rotach und die Schussen in den See. Eine besondere Bedeutung hat das Gebiet für den Haubentaucher, der dort bevorzugt nistet. Auch die vorgelagerte Flachwasserzone ist seit 1983 unter Schutz gestellt.
Das Gebiet um die Stockacher Aachmündung, das auch Naturschutzgebiet Bodenseeufer genannt wird, ist etwas kleiner und daher auch weniger beachtet. Bedeutung kommt ihm jedoch als Überwinterungsplatz für Regenpfeiferartige, besonders für die Samtente und den Ohrentaucher, zu.
Der Halbinsel Mettnau und dem Mündungsgebiet der Radolfzeller Aach am Zeller See kommt als Brutzone für Enten regionale Bedeutung zu. Der große Ententeich der Mettnau entstand zufällig bei Aufschüttungsarbeiten. An der Mündung befindet sich ein Schlafplatz für Bergpieper.
Das Wollmatinger Ried bei Konstanz ist seit 1973 Europareservat und seit 1976 Feuchtgebiet von internationaler Bedeutung. Durch seine Lage am Seerhein ist es eine wichtige Brutzone und darf daher teilweise nur bei Führungen betreten werden.
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Der Bodensee 
